みぞうのふきょう。


by tomo_macintosh
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Turboblotter

きのうちょっとサザンについて触れたので、覚え書きのつもりで。

今日(こんにち)ゲノムのコピー数を見る、サンプル間で比較する、などという時には定量性バッチリのリアルタイムPCRをやるのが横道になりつつあり、サザンブロットをしてデンシトメータやPhopho Imager等で定量する、なんてのは時代遅れなのかもしれない。

しかし、今回の実験では同一サンプル中にサイズの異なるフラグメントが混在することが予想され、両者を同時に検出して量比を見るにはサザンがいいだろう、ということで採用。リアルタイム用のサンプルはキレイなDNAを調製さえすればあとはカクテル・プライマーと混ぜるだけ、とお手軽(?)なのに対し、サザンはステップ数が多い。

DNAをゲルに流して、メンブレンに転写して、プローブ作って、ハイブリさせて、洗って、検出手順・・・サザンをする時にはいつも気合いが必要とされます(笑)。中でもメンブレンへの転写はいつも面倒臭い。キャピラリー法、という毛細管現象を応用した転写をするのがオーソドックスな方法なのだけど(ですよね?)、ろ紙をゲルのサイズに切って、ペーパータオルを重層して、とあーもう考えただけでも面倒臭い。

そんな面倒くさがりの自分にピッタリだったのがSchleicher & Schuellで開発され、現在Whatmanから出ているTurboblotter。これまでのキャピラリ法が転写バッファーを下から吸い上げてゲル>メンブレン>ろ紙>ペーパータオルと上方向に流れを作っていたのを逆転の発想で上から下へ流れるようにしたもの。
c0064899_1651094.jpg

装置、というよりは単なるプラスチックの枠が二つだけで、上側の枠にお堀の様にバッファーを入れ、そこからろ紙で橋渡しをして、ゲルからメンブレンへと流れるようになっている。

この方法だと重力方向へ流れる方向が向かっているからなのか、従来のキャピラリ法では通常夜通しで転写するのに対し、ゲルの厚さにもよるが数時間で終わる、という触れ込み。実際昨日ディテクションしたブツは3時間程度の転写時間で済み、ゲルにもほとんどDNAは残っていなかった(EtBrで見る限りは)。

何と言ってもものぐさにとってありがたいのがメンブレンやろ紙が既にゲルのサイズにカットしてあってパックされたものが付属していること。汚れないように気を遣いながらゲルのサイズにメンブレンやろ紙をカットして、、、なんて手間が省ける。買う時には正直半信半疑だったのだけどこりゃあ久々にヒットかも。手間を惜しまないでやれっていう声も聞こえてきそうですが(笑)。
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by tomo_macintosh | 2006-09-28 16:18 | しごと